农民工工资保证金由有关单位缴纳到社会保障部门，用于支付农民工工资，确保劳动者权益不受侵害。工程项目审批部门负责通知建设单位按照工程合同价款的3%存储到银行专户，保证金实行层级监管，不得挪用。
法律分析
农民工工资保证金缴纳一般是到社会保障部门。当劳动者在进行劳动的时候，是需要知道怎么将劳动者的权益进行保护的，在农民工进行工作的时候，如果没有一定的资金保障，在这个时候权益是很有可能受到侵害的，因此就会有工资保证金，农民工工资保证金一般是由有关的单位进行缴纳，在有关的单位不能支付工资的时候，这些保证金用于支付农民工的工资，因此缴纳的话一般是到社会保障部门。农民工工资保证金，是指在工程开工之前，由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的3%向银行专户存储的工资专项资金。保证金根据省、市、县各级项目审批权限实行层级监管，并实行专户存储、专项支取，任何单位和个人不得挪用。
拓展延伸
农民工工资保证金如何申请和退还？
农民工工资保证金的申请和退还程序相对简单。首先，农民工可以向所在地的劳动保障部门提出申请，填写相应的申请表格并提供相关证明材料。劳动保障部门将审核申请材料，并在符合条件的情况下核准保证金的支付。一旦农民工的工资问题得到解决，保证金可以通过同样的途径申请退还。农民工需要填写退还申请表格，并提供相关的工资支付证明。劳动保障部门将核实申请材料，并在符合规定的情况下将保证金退还给农民工。申请和退还农民工工资保证金的过程中，双方应保持沟通，确保程序的顺利进行。
结语
农民工工资保证金的缴纳和退还程序相对简单。农民工可以向所在地劳动保障部门提出申请，填写相关表格并提供证明材料。劳动保障部门将审核申请材料，并核准保证金支付。工资问题解决后，保证金可通过同样途径申请退还。填写退还申请表格并提供工资支付证明。劳动保障部门核实材料后，将保证金退还给农民工。申请和退还过程中，双方应保持沟通，确保顺利进行。
法律依据
《农民工工资保证金管理暂行办法》第十三条已存入工资保证金的建筑施工企业，确因资金周转困难无法按时支付农民工工资，劳动保障行政部门可动用该企业的工资保证金支付，建筑施工企业应在动用之日起10日内按动用金额的200%补存。